三年转瞬即逝，地球表面的重建工作如火如荼。东京湾凝结的暗金色晶体被炼制成防护材料，昆仑山脉断裂的灵脉用上古秘术重新接驳，天机阁遗址上矗立起一座融合古今科技的新总部——「天穹中枢」。林羽每日在中枢顶层闭关，试图参透归墟钥中残留的圣人意志，然而暗星危机带来的阴影始终挥之不去。
这天，阿依娜突然冲进闭关室，银链末端的星图碎片剧烈震颤：「监测到太平洋马里亚纳海沟出现异常能量波动，频率和三年前暗星投影降临前的征兆如出一辙！」全息投影中，海沟深处闪烁着诡异的靛蓝色光芒，声波扫描显示，那里竟存在着一座与地球板块运动无关的巨型建筑。
沈梦璃将新锻造的镇魔剑背负身后，剑身上镶嵌着从暗星残骸中提取的「星陨铁」：「海沟深处的水压足以碾碎任何金属，普通潜艇根本无法靠近。」她话音未落，玄机子的全息影像突然显现，这位重伤后一直闭关的智者面容愈发枯槁：「启动‘应龙号’吧，那是用太古龙族遗骨与现代科技结合打造的深海战甲。」
当「应龙号」破开海面时，整个天穹中枢都为之震颤。这艘形似上古蛟龙的战甲，鳞片由暗金色晶体与星陨铁交织而成，龙目位置是能穿透千米深海的「太虚探照仪」。林羽等人刚踏入驾驶舱，归墟钥突然悬浮而起，表面符文化作流光注入控制台——战甲竟与圣物产生共鸣，龙尾处的推进器喷射出五色光芒，瞬间没入深海。
随着深度增加，海水温度骤降至冰点，四周的黑暗中不时掠过通体透明、散发荧光的变异生物。当「应龙号」抵达海沟底部时，一座布满混沌纹路的巨型金字塔出现在视野中。金字塔顶端漂浮着一颗不断膨胀收缩的靛蓝色球体，每一次脉动都在撕裂周围的空间，形成细小的时空裂缝。
「这不是自然形成的建筑。」阿依娜放大扫描画面，惊觉金字塔基座上刻满了与暗星能量波动同源的符号，「这些文字记载着‘溟渊之主’的传说，据说它是混沌初开时诞生的深渊意识，被太古圣人封印在宇宙边缘。」她的声音突然颤抖，「星图碎片显示，暗星降临只是诱饵，真正的目标是唤醒溟渊之主！」
话音未落，金字塔突然迸发出靛蓝色光芒，无数形似章鱼的「溟渊使徒」从裂缝中游出。这些怪物的触须布满倒刺，每根倒刺都闪烁着腐蚀金属的幽蓝液体，更可怕的是，它们能扭曲周围的水流形成漩涡，将「应龙号」死死困住。沈梦璃启动战甲龙爪上的「星陨刃」，寒光闪过之处，使徒的身体竟分裂成两半，每一半都迅速再生。
林羽调动归墟钥的力量，在战甲周围形成五行防护罩：「它们的弱点在核心的能量结晶！」他操控应龙号吐出「五灵吐息」，赤红火柱、青色飓风、玄色水流、白色雷霆、黄色岩刺同时轰向使徒群。然而，当攻击触及金字塔时，靛蓝色球体突然吸收所有能量，反向释放出一道足以吞噬整片海域的「溟渊射线」。
千钧一发之际，玄机子的声音在通讯器中炸响：「用归墟钥共鸣金字塔的混沌纹路！这是太古圣人留下的双重封印，需要混沌之力才能激活！」林羽咬牙将归墟钥插入控制台，圣物与金字塔同时发出震耳欲聋的嗡鸣。战甲表面的鳞片开始剥落，露出内部散发古老光芒的龙族骸骨——骸骨竟自行重组，化作一条虚影巨龙，与溟渊射线正面相撞。
在能量对冲的风暴中，林羽等人发现金字塔顶部的靛蓝色球体正在吸收地球海洋中的灵脉力量。更糟的是，世界各地的海域同时出现异常，大西洋深处升起巨型珊瑚祭坛，印度洋漩涡中浮现出青铜巨像，所有异象都在向溟渊之主输送能量。
「必须兵分多路！」沈梦璃启动战甲的分体模式，龙身化作十二艘「星陨梭」，「我带天机阁弟子前往大西洋，阿依娜带队摧毁印度洋祭坛，林羽你留守这里，阻止溟渊之主苏醒！」她的眼神闪过决绝，「记住，一旦发现无法力敌，立即启动‘归墟同葬’程序。」
林羽望着战友们离去的背影，将归墟钥与七情灯再次融合。圣物光芒中，太古圣人的虚影不再完整，却传来坚定的意念：「混沌非恶，秩序非善，唯有平衡方能永恒。」他突然领悟，挥手在海底布下「周天星斗阵」，以归墟钥为阵眼，将海洋灵脉的力量逆向引导，形成一个巨大的阴阳鱼形结界。
当沈梦璃在大西洋与珊瑚祭坛的守护者——八爪鱼形态的「海渊祭司」激战时，她发现祭司的弱点在触角根部的眼睛。镇魔剑的星陨刃斩断祭司三只眼睛后，祭坛突然自爆，引发的海啸足以吞没整个北美洲。关键时刻，沈梦璃燃烧自己的剑意，化作一道星光屏障，硬生生将海啸逼回大海。
阿依娜在印度洋遭遇青铜巨像的攻击，巨像每走一步都引发海底地震。她利用银链上的圣物碎片激活古印度文明的「梵天之火」，火焰烧穿巨像胸口时，竟发现里面封印着无数人类灵魂。原来溟渊之主一直在收集生命能量，准备以整个地球为祭品完成重生。
林羽这边，溟渊之主的意识即将冲破封印。靛蓝色球体膨胀到遮住整片海域，时空裂缝中伸出巨大的触手，每根都比「应龙号」还要粗壮。归墟钥的光芒在混沌力量的侵蚀下愈发黯淡，林羽突然想起玄机子曾说过的话：「混沌之力，源自万物的恐惧与欲望。」
他闭上眼睛，将七情之力注入归墟钥：「既然如此，我便以苍生的希望为剑！」归墟钥爆发出耀眼的金色光芒，光芒中浮现出世界各地人们的面容——废墟中重建家园的幸存者、为守护灵脉牺牲的修道者、在避难所照顾孤儿的志愿者。这些信念汇聚成「苍生之剑」，斩断了溟渊之主的触手。
然而，就在封印即将完成时，宇宙深处传来一道暗金色光芒，瞬间击碎了周天星斗阵。光芒中走出一个身披黑袍的身影，他的面容模糊不清，却让林羽感受到比暗星更强大的压迫感：「太古圣人终究是失败了，混沌与秩序的平衡不过是虚妄的幻想。」黑袍人抬手，溟渊之主的意识瞬间膨胀数倍，「见证吧，真正的混沌时代！」
归墟钥在剧烈震动中出现裂痕，林羽的嘴角溢出鲜血。但他的眼神依然坚定，转头对通讯器说：「启动归墟同葬程序。」就在这时，玄机子突然出现在海底，他的身体变得透明，显然已将自己的神魂与「应龙号」融合：「不必如此，我早有准备。」
只见「应龙号」的龙族骸骨爆发出最后的光芒，与归墟钥、周天星斗阵的力量结合，形成一个巨大的封印牢笼。黑袍人发出愤怒的咆哮，带着溟渊之主的意识暂时退去。当光芒消散，海底只剩下残破的金字塔和奄奄一息的「应龙号」。
沈梦璃和阿依娜带着重伤的队员归来，她们看着满目疮痍的战场，又望向天空中重新凝聚的星图。阿依娜握紧断裂的银链：「那个黑袍人是谁？他为什么要复活溟渊之主？」
林羽握紧归墟钥，感受着圣物中传来的微弱脉动：「他的气息与暗星、混沌之源都不一样，更像是......」他的眼神变得凝重，「某种超越宇宙法则的存在。玄机子前辈......」他突然发现玄机子的神魂已经消散，只留下一枚玉简。
玉简中浮现出玄机子最后的影像：「黑袍人自称‘熵之使徒’，他的目标是让所有宇宙回归混沌的‘熵寂’状态。这次的胜利只是暂时的，当星图再次黯淡，真正的末日之战才会降临......」
林羽望着深邃的海洋，远处的时空裂缝仍在散发微弱的靛蓝色光芒。他知道，人类与混沌的博弈远未结束，而新的征程，才刚刚开始。