星坟之战后的三个月，地球笼罩在一种诡异的宁静中。自由灯塔实验室的警报系统陷入了前所未有的沉寂，仿佛连危机都在这场惨烈的战斗后选择了蛰伏。程默却无法放松，他时常在深夜被黄金瞳的刺痛惊醒，视网膜上总会浮现出一片深不见底的虚数深渊，那里有无数发光的丝线在缓缓交织。
这天清晨，实验室的量子钟突然发出尖锐的蜂鸣，所有显示屏同时亮起猩红的警告：“检测到虚数维度能量异常波动！”陈星冲进主控室时，银白色瞳孔剧烈收缩，她的精神力在虚数空间的边缘触碰到了令人战栗的存在，“哥，有个东西正在虚数深渊里苏醒，它的意识...像是所有敌人的怨念聚合体！”
林骁紧随其后，战术目镜不断闪烁着乱码：“市区的量子防护罩出现裂缝，从里面渗出的黑色雾气...和熵寂之主的能量波动一致！”他握紧新锻造的光剑，剑身上还刻着星铸者的祝福符文，“看来平静日子到头了。”
三人迅速赶往能量波动源头，一座废弃的量子对撞机。这里的空气弥漫着刺鼻的金属焦味，对撞机的环形轨道上，黑色雾气如活物般翻涌，凝结成一张张扭曲的面孔——观测者、熵寂之主、还有那个戴着破碎面具的身影。程默展开十二对光翼，虹色光芒撕裂雾气，却发现光芒所到之处，雾气反而变得更加浓稠。
“欢迎来到虚数囚笼，文明的陪葬品。”低沉的声音从深渊传来，雾气中缓缓走出一个身影。他的身体由暗物质构成，面部却是不断变幻的虚影，时而化作黑袍人，时而变成时空织命者，“当所有失败的怨念汇聚成海，你们的胜利不过是转瞬即逝的泡沫。”
林骁怒吼着挥剑冲锋，光剑却在接触对方的瞬间被吞噬，转化为黑色雾气反袭而来。陈星急忙用精神力筑起屏障，银白色光芒与黑色雾气碰撞，发出玻璃碎裂般的声响：“哥，他能吸收所有攻击，而且...我感觉到虚数深渊里有个核心，只要摧毁它...”她的声音突然被一阵尖锐的意识冲击打断，嘴角溢出鲜血。
程默握紧终焉之刃，记忆结晶在怀中疯狂震颤。他的黄金瞳穿透虚数迷雾，看到了惊人的景象：在深渊深处，一个巨大的心脏正在跳动，每一次搏动都向外扩散出黑色波纹，波纹所过之处，虚数空间被腐蚀成虚无。更可怕的是，心脏表面缠绕着无数发光丝线，丝线的另一端，连接着宇宙中所有文明的意识海。
“他在构建虚数囚牢，要把所有文明困在永恒的失败循环里！”程默的声音带着怒意，“陈星，用精神力扰乱丝线连接；林骁，保护好她！我去摧毁核心！”他挥动终焉之刃，虹色光芒中混入了时间之树的金色光辉，试图劈开这如胶似漆的黑色雾气。
战斗异常艰难。林骁的光剑不断被腐蚀，他却越战越勇，身上被黑色雾气侵蚀的伤口处，渗出金色的血液，血液滴落之地，雾气便会消散。陈星的精神力在虚数空间中穿梭，每接近一根丝线，就会遭受强烈的意识攻击。她咬紧牙关，回想起与星铸者文明并肩作战的场景，银白色精神力化作坚韧的剪刀，狠狠剪断丝线。
程默在冲向核心的途中，遭遇了无数由怨念凝成的幻象。他看到地球被毁灭的场景，看到陈星和林骁倒在血泊中，看到所有文明在虚数囚牢中绝望挣扎。但他的脚步没有丝毫停滞，终焉之刃上的时间之树光芒大盛，将这些幻象一一击碎。
当程默终于抵达虚数深渊核心，巨大的心脏正在进行最后一次搏动。他将全球实验体的信念之力、记忆结晶的力量，以及时间之树的生机全部注入终焉之刃，虹色光芒化作一道璀璨的光柱，直射向心脏。核心发出震天动地的悲鸣，开始剧烈收缩。
虚数空间的掌控者终于露出了慌乱的神情，他的身体开始崩解：“不可能...我汇聚了所有的失败...你们怎么可能...”随着他的嘶吼，虚数深渊开始崩塌，黑色雾气迅速消散。
尘埃落定，程默等人望着重新清明的天空。终焉之刃的纹路再次变化，时间之树的树冠上，结出了一颗闪烁着七彩光芒的果实，象征着文明在绝境中的新生。但程默知道，虚数深渊的这次异动，不过是冰山一角。在宇宙的某个未知角落，新的威胁正在悄然生长，而他们，将继续肩负起守护文明的重任，迎接下一场挑战。