马车上面对教授抛出的谜题（选择救谁），柯南展现出了超越年龄的智慧与冷酷的决断力，选择了救多数人（小兰、步美、光彦、园子），将少数人（元太、小哀、诸星秀树及其跟班）置于险境。这个选择震惊了所有人，尤其是诸星秀树等人。
当马车载着他们冲向断桥时，诸星秀树第一次感受到了真正的、不受控制的死亡恐惧。他看着旁边同样脸色发白但咬着牙没吭声的灰原哀，以及虽然害怕却还在骂骂咧咧的元太，再对比柯南在远处冷静指挥的样子，一种从未有过的认知冲击着他——在真正的危机面前，他引以为傲的家世、财富、平时欺负人的本事，全都毫无用处！他只是一个随时可能“死掉”的弱者！这种无力感和对柯南决断力的震惊，在他心中埋下了改变的种子。
在歌剧院，柯南识破了开膛手杰克伪装成艾琳·艾德勒的诡计。当“艾琳”突然暴起，亮出匕首刺向小兰时，场面极其惊险。
千钧一发之际，小兰展现出了惊人的反应速度和格斗技巧，一个漂亮的侧身躲过致命一击，紧接着一记干净利落的手刀劈在“艾琳”持刀的手腕上！虚拟世界完美模拟了骨骼错位的声音和匕首脱手落地的清脆响声。小兰的动作流畅而充满力量感，与这个时代柔弱女性的刻板印象形成强烈反差，看得旁边的园子目瞪口呆，随即大声喝彩：“兰！太帅了！”
诸星秀树和他的跟班们完全看傻了。他们平时在学校里也学过点花架子防身术，但何曾见过如此凌厉、实战性极强的格斗？江守晃张大了嘴：“骗、骗人的吧？那个姐姐…”
柯南趁机用麻醉针射中“艾琳”，但开膛手杰克（此时才显露出真容，一个眼神疯狂、动作迅捷如鬼魅的男人）利用混乱和浓雾再次逃脱，只留下被麻醉的假“艾琳”但是柯南通过蛛丝马迹（匕首上的特殊记号、假艾琳身上残留的廉价香水与之前案发现场气味一致）进行的高速推理，让其余人（小兰再次在心里起疑）听得入神。
之后虚拟伦敦中，在“灰隼”（悠真）的引导和莫里亚蒂提供的碎片化情报下，柯南一行艰难地追踪着开膛手杰克（设定中被诺亚方舟强化，拥有超越时代的格斗技巧和伪装能力）的踪迹。他们经历了白教堂区的血腥现场，探访了落魄的剧院，与福尔摩斯（由诺亚方舟模拟，但逻辑严密）进行了短暂的交流，逐渐锁定了杰克的真实身份——一个因母亲被贵族玩弄抛弃、最终惨死而憎恨所有“堕落”女性，并迁怒于整个贵族阶层的复仇者。
然而，诺亚方舟显然提升了难度。杰克神出鬼没，且利用浓雾和人群制造了多次险情。为了保护他人，玩家们一个接一个地“出局”（意识被强制登出，脑神经承受冲击，现实中的身体出现剧烈反应）：
*（ 之前）元太为了推开差点被失控马车撞到的步美，自己被撞飞，化作白光消失。
* 光彦，小哀，还有秀树的小跟班们在试图拆解杰克设置的炸弹陷阱时失败，英勇牺牲。
* 步美和园子为了引开追捕的警察（被杰克误导），主动暴露，被“逮捕”出局。
看着伙伴们接连消失，柯南和小兰，秀树心如刀绞，但意志更加坚定。在“灰隼”的帮助下，他们终于锁定了杰克的目标——一列即将开往苏格兰场的、载有重要贵族和政府官员的蒸汽列车！杰克计划在列车上制造惊天血案，并炸毁桥梁，让所有人陪葬！
四人（柯南、小兰、灰隼，秀树）千钧一发之际冲上了疾驰的列车。车厢内，杰克利用高超的伪装和毒气，再次制造混乱。在最后的对决中，柯南识破了杰克利用香水掩盖自身气味、并伪装成贵族管家的伎俩！
“你的仇恨蒙蔽了你的眼睛，杰克！”柯南站在摇晃的车厢连接处，对着伪装被揭穿、露出狰狞面容的杰克喊道，“你和你憎恨的那些人，用暴力制造了同样的悲剧！”
“闭嘴！小鬼！”杰克眼中燃烧着疯狂，他猛地扑向小兰，用一条坚韧的钢琴线死死勒住她的脖子，将她作为人质拖向车顶！“放下武器！否则我立刻杀了她！”
“小兰！”柯南目眦欲裂！他手中没有武器，只有福尔摩斯给他的怀表！
“新一……别管我！阻止他！”小兰被勒得呼吸困难，却拼命喊道。
杰克拖着小兰，跃上了高速疾驰的列车顶！狂风呼啸，车身剧烈摇晃，危险至极！
柯南毫不犹豫地追了上去！他必须在疾驰的列车顶救下小兰，并阻止杰克！灰隼（悠真）和秀树紧随其后，但他没有立刻出手，只是如同鬼魅般跟在后方，确保两人的安全。他知道，这是弟弟必须面对的成长时刻，不到真正的生死关头，他不会干涉。
车顶上，杰克挟持着小兰（并用绳子绑住了手脚），狂笑着：“来啊！侦探小子！看看是你的推理快，还是我的刀快！”他亮出了锋利的匕首，抵在小兰颈边。
柯南强迫自己冷静，大脑飞速运转。列车的速度、前方即将到达的桥梁、杰克的动作习惯……他紧紧握着怀表，寻找着一线生机。然而，杰克显然不想给他时间，他打算将小兰推向列车边缘时，小兰主动挣脱为了不连累大家打算跳下去
“柯南！交给你了！”小兰半个身子悬空，命悬一线！
“该死！”杰克狞笑！人质没了只好立马提刀冲向柯南和秀树。
就在这千钧一发之际！
“咻——！”一道细微的破空声响起！
一枚特制的、带有强效麻醉剂的细针，精准地射中了杰克持刀的手腕！是灰隼（悠真）！他如同猎豹般从后方突进，速度快得在车顶留下残影！在杰克因手腕剧痛和麻痹而动作停滞的瞬间，悠真已经欺身近前！
“砰！”一记干净利落的手刀，精准地劈在杰克的后颈！力道控制得恰到好处，足以瞬间剥夺其行动能力，又不至致命。
杰克连哼都没哼一声，身体一软，像破麻袋一样瘫倒在车顶，匕首脱手飞出，坠入黑暗。
几乎同时，悠真另一只手闪电般探出，抓住了即将坠落的小兰的手腕！用力一拉，将她稳稳地带回安全位置！
“小兰姐姐！”柯南冲上前解开绳索，和小兰紧紧相拥，劫后余生的巨大情绪冲击着两人。
“谢谢……灰隼先生！”小兰惊魂未定，感激地看着眼前这个神秘而强大的青年。
悠真微微颔首，没有多言。他迅速检查了一下昏迷的杰克，确认其失去威胁。然后，他的目光投向驾驶室方向：“危机还没解除，列车还在加速，前方就是断桥！必须让它停下来！”
四人立刻冲向驾驶室。在悠真非人的力量（系统在虚拟世界赋予的权限或强化）和柯南精准的操作（利用福尔摩斯怀表里隐藏的、能干扰蒸汽机车锅炉压力阀的微型装置）配合下，伴随着刺耳的金属摩擦声和冲天的蒸汽，失控的列车终于在距离断桥咫尺之遥的地方，惊险地停了下来！
列车停稳，浓雾似乎也散开了一些。一道柔和的光柱从天而降，笼罩了柯南、小兰和灰隼，秀树。下一刻，他们出现在一个纯白的、充满未来科技感的空间中。