甯忠率三万余人由大明水师护送，从伊势湾进发，贴近海岸往北航行，在伊豆的富士山方向大军上岸，先和耿瓛大军合兵为一处以后，前后夹击甲斐之敌，不使被日本人逃脱去镰仓方向报讯，然后往镰仓方向的逼近。
由济南都司新近来日本的军长铁青山，乃是兵部尚书铁铉的堂弟，率领中军在耿瓛的身后，但是等到其和甯忠大军往镰仓方向进发的时候，他则一直往前至信浓诸侯国，在上野、下野的地方折转往东，包抄日本人的后路。
甯忠所率的三万大军，在静冈富士山登陆后直接西进破静冈城。
而耿瓛所率领的东路大军计五万余人一路北上，冈崎、滨松相继落入手中。然后和甯忠合兵一处，然后等到铁青山率四万大军拿下松本、府中之后。三路大军已经对镰仓地区形成了包围之势，大军所过之处，为了保证大军的行踪不被泄露，几乎杀的是寸草不生，人烟皆灭。
所遇到的百姓，如果不在第一时间选择做顺民或者良民，那么等待他们的就只有一个结局，由大明水师运往四国岛流放。没有粮食和生产工具的流放，下场只有一个，那就是死。
其实攻击这么快捷和凶猛，是大明将士们没有想到的，中间足利幕府的命令也算是帮了一个忙，本州岛大部分是足利家族的天下，为了保证天皇的安全，足利义持下令据城死守，拖延大明军队的步伐。
而沿途各城也坚决的执行了一项最愚蠢的命令。偏偏城池简陋矮小，防御措施更是不堪一击，更是没有防御炮火的措施。往往只是攻击方的两轮火炮，就可以造成一半的日本士卒的丧亡。
战争朝一面倒的态势倾向于大明军队，要不是顾忌朝中大臣们的弹劾，恐怕征战的步伐会更快一点，方明谦此时才感到皇上的先见之明，此次征日。所派遣的大部分是江南和山东沿海地区的士卒，而没有调遣内地大军，经过许多年倭寇的滋扰，对于日本有着一种先天的恨意，这种恨意一旦转化到战争里面，不可避免的就会成了无所披靡的战斗力。
见到如此形势，足利义持大恐。四处派出斥候查询出路，才发现自己已经被团团包围，只有海上一途可以逃出。明军明显的是不给日本留下半寸容身之地。
但是又不知道海外还有没有大明水师的战船，但是已经没有思索的余地，为了天皇的安全，已经将其转移到了身后的江户境内的海边之上，在那里有着新建设的天皇行宫。
其实在江户、镰仓附近守军约还有近八万人。足利义持想到应该还有一拼之力。不过甯忠所部率领大军于川崎向北插进。先取川崎，再北上迂回江户的下町平民区将其围住。耿瓛所率的军队沿武藏境内直趋山之手区域。
铁青山所领的近四万人攻克岩村、布川之后，进据小金城，其手下攻克佐仓城，陈兵于海边，江户此时还不是另一个时空的东京所在，所以防御措施本来就很少，经不得大明将士的冲杀。
三面大军已经成合围之势，但是耿瓛继承其父的性格稳健，步步为营。对镰仓、江户地区形成包围之势后，就暂时停顿，蓄势待发。
七天后，江户外围要地尽失，于是环城防卫战开始。三日后清晨攻陷城西南之山之手。当日下午，一直强势的足利义持终于按捺不住，召集诸侯大名宣布撤退。
足利义持声泪俱下的恳请诸国守护全力护佑天皇的安全，集中所有的船只。不顾一切卫护天皇船队先出内海，往虾夷等待勤王之师。
天皇带走所有船只，剩下的日本军队则作为佯兵，只能由武藏境内北上从下野杀出。迅速进入山中；而足利义持为了表示对天皇的忠诚，愿意率领亲信和家族武士。沿佐仓方向往东潜入江户崎，然后再到矢作，然后再到海边，从哪里整顿后，在渡海往虾夷会合天皇。
事情本来到了这里，日本的败亡已经无可挽回，可就是在正统的事情上，两派又发生了争执，今川了俊和大内盛见坚决要求向大明投诚，因为虾夷此时还是荒无人烟的雪山岛屿，那里有些居民，但也是没有开化的蛮人。而且虾夷一年四季都是天寒地冻，冷多暖少。甚至都没有种植过庄稼，发展空间太少，在那里，经过大明水师的围困，还是会全军覆没。
不如向大明表示忠诚，以自诩为天朝上国的高傲，说不定可以保存部分国土，届时忍辱负重，待到大明不提防的时候，东山再起。还有复国的希望。而到了虾夷之后，如果明军再步步紧逼，还能逃向那里呢？
而足利义满死之前，已经看透了大明的心思，知道大明此次为灭国而来，所以不抱任何侥幸，已经出家的足利义满，在临死之前，认为是大和民族的报应，也是多年来侵犯大明沿海的恶果，所以告诫足利义持，投诚不会是权宜之计，而是会导致大明皇帝的轻视，让其一定不要放弃任何机会，而且，足利义满那时才有些后悔拒绝朱棣的邀请。
足利义持得到父亲的嘱托后，最后一步，决定到了虾夷之后，立即按照足利义满的计划，往萨哈林岛寻求陆地的立足，坚忍之后再图计划。所以坚决不同意大内盛见和今川了俊的计划。
争执之下，两派不欢而散。各自准备自己的计划。
九月初五，大明攻占镰仓，直逼江户。足利幕府的家族武士在东京外围与大明军队多次进行激战，但未能阻挡征日大军的多路攻击。
九月初八，大内盛见、今川了俊代表后龟山天皇表示愿意臣服，而此时正是后龟山天皇名誉上的执政期间。他们的表示臣服，代表着日本的灭亡。
九月初九，足利幕府集合所有船只，携带日本皇室成员计二千余人，还有幕府武士大约万余，各诸侯强行占据百姓船只，然后随之出内海往北而去。其余抢不到船只的，或者随后龟山天皇投诚。或者是遁入山林，企图通过大军封锁，去寻觅足利义持所描述的过海往虾夷的地点。
日本正式分裂，而大明随即宣布日本纳入疆土之内，因为后龟山天皇在执政期间投诚，代表着合法政府，而执政期间。也掌管着象征日本存在的三神器，即八尺勾玉、神镜和草剃剑。但是为了表示诚意，也献出交付于大明掌管。
还有一个原因，那就是所谓的虾夷（北海道），因为山地占全岛面积的百分之六十，其中又有一半是火山地带，而且和日本本州岛隔海而望。在大明水师的震慑下，足利义持根本没有反攻的可能。逃到了虾夷，面对的也只能是一望无际的火山群。
至于为什么不强行登陆，只是在关东地方一个叫横滨的小渔村驻扎下来监视日本军队。朱元璋自有打算，后龟山天皇虽然投降，两个首领式的人物大内盛见、今川了俊也在耿瓛的监护之下。
但是足利幕府依旧有着影响力，朱元璋也不想日本一下子就进入了无政府状态，他希望日本进入非黑即白的形式之下。
只要足利幕府存在，那么一些隐藏的武士才不会转化成恐怖分子，因为他们还有希望。他们还有盼头，他们就会找足利义持和后小松天皇表示忠诚，那么才有一网打尽的可能。
“灭国容易，灭人心难啊。”朱元璋心里想着，在京师等待着后龟山天皇和大内盛见、今川了俊的觐见，日本被灭国之后，后龟山天皇还要去做一阵子傀儡，朱元璋会封其为日本国王。仍旧让他回京师做日本国民的盼头。但是后者大内盛见和今川了俊却只能是在大明孤独终老了。
在佛道之争没有结局之前，朱元璋倒是想到了一个好办法，佛教在日本颇为昌盛，而这次是颠覆其信仰的时候了。之前。在他的授意下，耿瓛等人借着战火的便利，让日本人饱尝了被掠夺的痛苦。
文化珍品遭到了大明军队可以的洗劫。据耿瓛密报，征日大军攻破镰仓和江户以后，镰仓的鹤冈八幡宫，还有圆觉寺、建长寺、妙本寺、明月院、东庆寺、海藏寺等古老寺院，及名景镰仓大佛等都不同程度的遭到清洗，为下一步道教扎根日本境内打下了基础。
在日本国王回去的同时，朱元璋会派张宇初选择一批道士跟随其一起成行，届时会宣布日本的灭佛兴道主张，许多在大明不能强项实施的政策也将会在日本实施，观察效果后，才会转移到大明境内实行。
从开始筹划，到后龟山天皇的投降，看起来不到三年的光景，在很多人的眼里觉得有些匪夷所思，但是大明朝廷上下却是知道其中做足了多少功课，当然，和充足准备之下，两国之间的国力悬殊是离不开的。日本人也不像是大明，中原人饱受外族的欺凌，对于一切都有着无比的韧性。
相比于此点，日本就有些远远不如大明的承受能力，否则，以一个立国千年的岛屿之国而论，怎么会如此脆弱和经不起打击呢？
不管怎么说，日本败亡了，虾夷不是足利义持能够长久生存的地方，后龟山天皇还未回日本安慰他的国民，朱元璋就得到锦衣卫的密报，足利义持开始往萨哈林岛窥探，当然，也免不了联络正在鞑靼边境的蒙元残余。
但是蒙元残余此时却没有时间去理会足利义持的热情，帖木儿已经开始不耐烦的往和林方向紧逼了。他终于忍受不住在别失八里的久待，迟迟不能进攻大明，原因也就是鞑靼的不肯臣服，偏偏帖木儿又不敢把后方交给不肯臣服他的人，必须要牵制或者是打残鞑靼，他才能放心的朝关内挺近。
在日本逃亡虾夷的同时，帖木儿终于忍不住那份煎熬，遂命马哈木、太平、把秃字罗三人分领的瓦刺拥立阿里不哥的後裔：答里巴为大汗。发起了向鞑靼讨伐的战争。
帖木儿利用瓦刺的卫拉特部，加上自己少量的军队攻击鞑靼，其实也是看到使其臣服无望，暂时起到一个牵制的作用，不是万不得已，他是不会和鞑靼正式开战的，因为帖木儿也是游牧人出身，知道在草原上相互追逐。是多么的浪费时间，如果能找到主力决战还好些，否则光是游击，就可以让帖木儿耗尽元气。
在马哈木、太平、把秃字罗三人率军出征的同时，他也率领主力进军沙州地区。他不怕马哈木、太平、把秃字罗三人背叛他，是因为瓦刺即后人们所称的“卫拉特”。因众多游牧于大漠以西，故又有“漠西蒙古”或“西蒙古”之称。与成吉思汗“黄金家族”有世婚关系，在蒙古国中一直享有“亲视诸王”的特殊地位，在蒙元时期，该部中因有许多人支持阿里不哥和海都反对忽必烈，基本上和忽必烈一系是世仇关系，一副不死不休的局面。
帖木儿的前锋骑兵大约八万人，是十月初四完成对沙州的包围。在初五的凌晨开始了攻城。 他不能再等了。只能趁严寒到来之前，争取向南方扩展一些，那样至少可以让部分将士避过沙漠肆虐的寒风。
因为时间充沛，宋晟已经将兵力收缩，把沙州布置成沟壑纵横、不便于骑兵的进攻的地区，这里南枕气势雄伟的祁连山，西接浩瀚无垠的罗布泊荒原，北靠嶙峋蛇曲的北塞山，东峙峰岩突兀的三危山。是个群山拥抱的天然小盆地，党河是沙州唯一的水源供应。
所以帖木儿将主要的攻击点集中在鸣沙山地带和党河两岸及其下游地带。用骑兵对矮小的城垒进行猛烈的冲杀。
对于帖木儿骑兵毫无预兆的到来，这是宋晟没有思想准备的。当他来到城楼巡视，正在准备与攻城的敌人顽强抵抗的部将们都对他诉说：
“帖木儿的骑兵要比蒙古迅猛，冲起来又快又猛，单靠矮小的城墙是挡不住的。如果让他们突破沟壑冲到城下来了，就更不好办了。他们可以爬城，可以用炸药炸城垒。”
默默听着这些话，也认为这确是危险的关键所在。需要想出对付的法子，来制服敌人。他沉着地爬上城垒，走到火枪兵的射孔旁边，从射孔处细细观看敌人的阵容。他不得不承认。敌人确很骁勇。
策马冲起来如同平地卷起一阵狂风，尽管火枪齐发，对于狂飙中的骑兵所能起到的作用也不会太大。这不仅使将士们焦急。就是他这位主帅，看到这种情景也很焦急。
不过，帖木儿的骑兵一旦开始进行试探性的攻击，大家就发现了情况，冲到近处来的时候，骑兵的前进速度明显地变慢了，而且很多马翻人倒。显然这不是中枪倒下的，因为此时他还没有下达反击的命令。什么原因？
……看清了，看清了，是城垒下那一片星罗棋布的壕堑发挥的作用。原来敌人为了拉近城墙的距离，他们惟恐战马跑得不快，猛力加鞭，催动着坐骑疯狂般地冲过来。战马在这种凶猛的冲刺下，陡然遇到横在面前的壕堑，无法收住飞奔的脚步，惊诧起来，失却平衡，栽倒在深深的壕堑里了。
这一发现使宋晟很高兴。毕竟是首次和帖木儿交手，在他不明白对方的实力时，对方也不了解大明的战斗方法，拿这种骑兵作战的冲锋来攻城，似乎有些高看了帖木儿的智商。
他立即把部将召集拢来，将这一发现告诉大家，并要求各部安排一批火枪手，向坠入壕堑的敌人进行精确射击，加强杀伤力和准确度。同时各部组织追杀队，候在城垒门边，准备钩、枪一类武器，以便随时扑出城去，拦杀冲近城边的敌人。
他的办法很奏效，果然大大地杀伤了敌人。敌人冲锋的势头明显地减弱了，战马奔驰的速度也变慢了。这样一来，火枪手们的作用就大大地发挥出来了，有更多的敌人在冲锋中死于枪弹之下。
帖木儿对第一次的进攻所付出的伤亡代价感到十分愤怒，虽然是试探性的进攻，但为了减少伤亡，他匆匆地收了兵。
宋晟明白，虽然打退了敌人的第一次进攻，还会引来敌人更多、更频繁、更猛烈的进攻。怎样才能打败敌人第二次、第三次……以及以后每一次的进攻，还需要做更多的准备工作。当天深夜里，他就组织士兵带百姓悄悄出城增挖、清理壕堑，并在壕堑里埋下竹签、蒺藜之类，好让对方丢下更多的尸首。至少要坚持二十天以上，这个任务并不轻松。
接二连三的受挫，使帖木儿十分恼火。自帖木儿汗国成立以来，他指挥过不少的战斗，虽说都有伤亡，但像这种久攻不下，而且还看不到对手模样的战斗却是绝无仅有的。